SpongeBob en Patrick stuiten op een verloren magisch amulet wat ze naar de legendarische stad Atlantis brengt. In de game ga je mee samen met de andere vrienden uit Bikini Broek in een magische bus. Je gaat opzoek naar de schatten van Atlantis en moet proberen de droom van SpongeBob te vervullen: het vinden van 's Werelds Oudste Bel.



In de game kun je de stad Atlantis onderzoeken en daar nieuwe personages ontmoeten. Je kunt als zes personages uit de tekenfilmserie spelen, waaronder SpongeBob, Patrick, Sandy, Octo, Meneer Krabs en Plankton. In de Amoeba Arcade kun je daarnaast leuke mini-games spelen. Met de Atlantische tank kun je ijsjes op vijanden afvuren. Om de magische bus naar Atlantis rijdende te houden zul je muziek moeten maken.