De Deadly Six heeft versterking gevonden in de vorm van angstaanjagende monsters, genspireerd op het spel 'NiGHTS into Dreams'. Sonic is in een wereld van nachtmerries terecht gekomen, en in een exclusief level die betreden kan worden door een code in te voeren, moet hij de Deadly Six verslaan op hun angstaanjagende monsters.

The Nightmare DLC kan worden gespeeld op elk punt in het spel en wanneer je het level gehaald hebt, wordt je beloond met het exclusieve 'Black Bomb Colour Power'.

Tijdens de achtervolging van dr. Eggman, komen Sonic en Tails terecht op een wereld bekend als Lost Hex. Hier leren ze dat Eggman de krachten heeft opgenomen van de lokale bevolking bekend als de Dodelijke 6. Echter wanneer Sonic naar Eggman rent en een schelp uit de handen van Eggman trapt verliest Eggman de controle over de Dodelijke 6. Ze rebeleren en nemen het Badnik leger over van Eggman. Sonic en Eggman zijn nu gedwongen samen te werken om de Dodelijke 6 te verslaan.