Tom Cruise speelt de hoofdrol als Ray Ferrier, een gescheiden havenarbeider en een allesbehalve volmaakte vader. Nadat zijn ex-vrouw (Miranda Otto) en haar nieuwe echtgenoot zijn tienerzoon Robbie (Justin Chatwin) en jonge dochter Rachel (Dakota Fanning) na lange tijd weer eens bij hem hebben afgezet voor het weekend, lijkt er onweer te komen. Merkwaardige en zeer krachtige blikseminslagen teisteren de grond. Even later ziet Ray op het kruispunt bij zijn huis iets uitzonderlijks. Het zal hun leven voorgoed veranderen. Een enorme oorlogsmachine op drie poten duikt op van diep onder de grond en begint, voor iemand iets kan doen, alles om zich heen met een verzengend vuur te verwoesten. Een doodgewone dag wordt in één klap de meest bizarre gebeurtenis van hun leven: De eerste catastrofale aanval op de aarde vanuit de ruimte. Ray probeert koortsachtig zijn kinderen te beschermen tegen deze meedogenloze nieuwe vijand. Er volgt een zware tocht door de verwoeste streek, waar ze verstrikt raken in een massa radeloze mensen die op de vlucht zijn voor een buitenaards leger Driepoten. Maar waar ze ook heen vluchten, nergens is het veilig. Alles hangt af van Ray’s onverzettelijke wil om zijn dierbaren te beschermen.