Monster Hunter 3 Ultimate benut de unieke functies van Wii U en Nintendo 3DS om spelers een werkelijk intuïtieve jachtervaring te bezorgen. Daarbij kunnen spelers de nieuwe Target Camera-functie gebruiken om met een druk op de L-knop snel op nabije monsters te focussen. Via de touchscreenfuncties van beide systemen kunnen spelers snel toegang krijgen tot boeken, wapens, plattegronden en minigames en de hoogkwalitatieve beelden van de Wii U en de 3D-beelden van de Nintendo 3DS garant staan voor een rijke spelervaring, vol overweldigende omgevingen om te verkennen. Spelers met een Nintendo 3DS kunnen via StreetPass Guild Cards - met daarop informatie over hun jagers - uitwisselen met andere spelers.

Spelers met een Nintendo 3DS kunnen de wereld van Monster Hunter in hun eentje ervaren of met twee tot vier spelers tegelijk via draadloze communicatie. Dankzij de zoekfunctie van de Nintendo 3DS wordt het extra makkelijk om in je nabije omgeving jagers te vinden waarmee je op avontuur kunt gaan. Spelers met een Wii U kunnen online jachtgroepen van maximaal vier spelers vormen of via draadloze communicatie samenspelen met Nintendo 3DS-spelers. Fans die voor zowel de Wii U als Nintendo 3DS een exemplaar van het spel bezitten, kunnen hun opgeslagen gegevens tussen de twee systemen overzetten, zodat ze zowel thuis op tv als buitenshuis op jacht kunnen gaan.