Op een dag dat Reimu Hakurei op bezoek is bij Rinnosuke Morichika in zijn winkel, laat ze hem een van haar meest waardevolle dingen zien, de Golden Sphere. Maar wanneer ze het aanraakt komt er plots een straal van licht van de sphere af. Rinnosuke begint zich raar te gedragen en in plaats van zijn winkel staat er ineens een gigantische toren. De bevolking van Gensokyo bestaat ook ineens uit klonen die iedereen aanvallen. Het is jou taak, als de Hakurei Shrine Maiden, om dit laatste incident op te lossen.

Tijdens je avontuur word je vergezeld door Futo Mononobe, die recentelijk is begonnen aan zijn reis om een eerste klas Sage te worden. Samen is het jullie taak om een weg te banen door allerlei kerkers en de vrede te herstellen.