De aarde is veranderd. Twintig jaar is voorbij sinds de wereld leiders zich hebben overgegeven aan de buitenaardse legers. XCOM, 's werelds laatste verdedigings linie, bleef maar weinig van over. Nu regeren de buitenaardse wezens over de aarde. Ze bouwen gigantische nieuwe steden, met prachtige gebouwen die een mooie toekomst voor de mensheid beloven. Al deze mooie steden verbergen echter een kwaadaardige agenda van de buitenaardse leiders, iedereen die tegen hen ingaat word uit de weg geruimd.

Enkel degene die aan de rand van de wereld leven hebben nog enige vorm van vrijheid. Dit is dan ook waar de mensheid langzaam aan samen komt om terug te vechten. XCOM moet weer herrijzen uit de as en de kwaardaardige plannen bekent maken en tegen houden.