Het team achter The Legend of Zelda: Majora's Mask 3D presenteert een gedurfd, nieuw avontuur dat inhaakt op alles wat RPG-fans leuk vinden. Als uitverkoren Seedling is het jouw taak om een bloeiende oase op te bouwen met je partner Isuna. Ontmoet leden van andere stammen en sluit bondgenootschappen met ze om je missie uit te voeren.

Ondertussen moet je het opnemen tegen Chaos, die de vrede in woestijn bedreigt. Neem het op tegen vijanden in realtime-gevechten waarbij je wisselt tussen drie teamleden, en verken een woestijn vol gevaren. Ga op zoek naar grondstoffen in grotten en in kerkers vol puzzels om dewadems te verdienen. Daarmee kun je nieuwe winkels en uitrustingen laten groeien!