Man in Black is een speciale 'vreemdelingenpolitie'-eenheid van de Amerikaanse overheid. Zij zijn er om u te beschermen. U wist het misschien nog niet, maar onze planeet wordt al jaren bezocht door buitenaardse wezens. De reden waarom u hier niet van op de hoogte bent is, omdat men bang is dat er paniek en massahysterie zal uitbreken onder de bevolking.

Inderdaad, niet alle 'aliens' zijn hier met goede bedoelingen! MIB-agenten K. (Tommy Lee Jones) en J. (Will Smith) rukken uit nadat een doodgewone boer zich ontpopt als een afschuwelijk en niets ontziend insect dat een speurtocht begint naar een juweel waarmee het te voeren bewind over het heelal aanzienlijk vereenvoudigd kan worden. De beide agenten trachten daar een wel heel hi-tech stokje voor te steken.