Admiraal James T. Kirk vermoedt dat de toekomst niet zal brengen wat het verleden ooit gegeven heeft en komt tot de conclusie dat het doorkruisen van het universum aan de jongere generatie moet worden overgelaten. Tijdens een routine-inspectie van de U.S.S. Enterprise krijgt de carrière van Kirk bij Starfleet echter een nieuw hoofdstuk als zijn meest wraakzuchtige aartsvijand opnieuw opduikt: Khan Noonien Singh, de genetisch gemanipuleerde
krijgsheer van de laat twintigste-eeuwse aarde. Nadat Kahn uit zijn vergeten gevangenis is ontsnapt, zet hij zijn zinnen op Project Genesis, dat hem bijna goddelijke krachten zal geven, en de ultieme ondergang van Kirk