The Pirates speelt zich af in Korea tijdens de 14e eeuw. De koninklijke zegel van de keizer wordt gestolen tijdens een transport de nacht voor de oprichting van de Joseon-dynastie. Wanneer blijkt dat de zegel is opgeslokt door een gigantische walvis geeft de keizer opdracht tot het terugkrijgen van de zegel. Kapitein Yeo-Wol wordt door de keizer verantwoordelijk gehouden voor het verliezen van de zegel en krijgt 10 dagen om deze terug te vinden voordat er consequenties zullen volgen. Maar met een enorme beloning voor iedereen die bereid is om de zegel te vinden, trekken ook talloze bendes van piraten en dieven erop uit. Onder hen ook de bandiet Jang Sa-Jung en zijn team van buitenbeentjes en de voormalig kapitein die door Yeo-Wol werd afgezet. De groeperingen zullen het moeten opnemen tegen elkaar en tegen de walvis die onder water loert....