De historische-maritieme roman De Thuisvaart is het vierde deel in de serie over het zeemansleven van kapitein Van Linden. De Thuisvaart beslaat een reis met het barkschip Elisabeth II van Soerabaja via Sint-Helena, West-Afrika naar Amsterdam en vindt plaats in de tweede helft van de negentiende eeuw.
Elisabeth en Henry, respectievelijk de vrouw en zoon van de omgekomen reder Greep, reizen door Java en gaan op zoek naar lading voor Elisabeth II. Op die reis ontmoeten ze Bob, een krouman (lid van een krustam in Liberia). Hij gaat mee om een belofte in te willigen, die hij aan zijn vader heeft gedaan.
Een deel van de bemanning is door de oude kapitein Blom met een bepaalde bedoeling op het schip gezet. Blom ziet deze groep als overlevenden van de zonvloed die de wereld te wachten staat. Zijn protegee Van Linden kent de bedoeling, maar ervaart de bemoeienis van zijn oude kapitein als inbreuk op zijn gezag.
Op de Indische Oceaan vindt er een ontmoeting plaats tussen Van Linden en zijn vijanden. De reis is zwaar en zeer vermoeiend en dat blijkt een voedingsbodem te zijn voor muiterij. Onder invloed van een verstekeling komt het tussen Afrika en Amsterdam tot een uitbarsting.
Tijdens de reis verdiepen de warme gevoelens zich tussen Van Linden en Elisabeth. Dit heeft onder andere tot gevolg dat hij, samen met Elisabeth, de rederij van Greep onder een andere naam wil voortzetten.