In Etrian Odyssey loods je een aantal personages door diverse labyrinten. Onderweg komen ze vele vijanden tegen die met een turn-based vechtsysteem moeten worden uitgeschakeld. Dit betekent dat de speler en de tegenstanders om de beurt een actie uitvoeren. Tijdens het spel word je beter en kun je nieuwe vaardigheden krijgen, maar winnen blijft vooral een kwestie van de juiste strategische keuzes maken. In totaal zijn er negen verschillende soorten personages die verschillen van een jager met een zweep tot een tempelier met een schild. De speler kan de personages zelf ontwikkelen en uiteindelijk een avonturiersgilde maken met twintig strijders. Er kunnen echter slechts vijf tegelijk een labyrint in, dus het is aan de speler om de juiste personen te kiezen, afhankelijk van de vijanden die je tegenkomt. In Etrian Odyssey kom je in verschillende omgevingen terecht waaronder een bos en een jungle. Om je weg hierin te vinden wordt de touchscreen van de DS gebruikt. Op het bovenste scherm zie je de omgeving vanuit de ogen van je personage en op het onderste scherm kun je landkaarten tekenen van alle omgevingen. Je kunt je reis plannen door muren te tekenen en deuren, valkuilen, trappen, schatkisten en andere elementen op je kaart te markeren.