Automaton is een spiritron computer, deze computer staat op de maan en heeft de kracht om welke wens dan ook uit te laten komen. Door de hele spiritron-gemaakte digitale wereld SE.RA.PH., komen de Servants en hun Masters bij elkaar om te vechten over eigendom van de Moon Cell Automaton in de Holy Grail War.

De Servant Nero Claudius en haar Master hebben de Holy Grail War gewonnen en hebben de Holy Grail in hun bezit. Daarbij krijgen ze ook de Regalia, een ring dat hun markeert als de winnaars. Daarmee kunnen ze regeren over hun voorheen vijandige Servants en een nieuw begin maken.

Maar nu is daar ineens een nieuwe vijand, en deze heeft iets wat niet zou moeten bestaan: nog een Regalia.