Sonic Chronicles: The Dark Brotherhood is een RPG met Sonic in de hoofdrol. Het verhaal gaat dat Sonic vakantie neemt nadat hij Eggman heeft verslagen, waarna hij bericht krijgt dat Knuckles is ontvoerd door een groep, genaamd de Marauders. Eggman wordt niet de grote slechterik, maar in plaats daarvan komt er een twist in de game die teruggrijpt naar eerdere Sonic-games. Het spel speelt de eerste helft af in standaard Sonic-omgevingen, de tweede helft van het spel vindt plaats in een duistere wereld.

In totaal zijn er elf party members te kiezen en hiervan heb je op elk moment er vier van tot je beschikking, die bij tijd en wijlen ook op te splitsen zijn. Op dit moment zijn er een zevental bekend: Sonic, Tails, Amy, Knuckles, Rouge, Shadow en Big the Cat. De gevechten zijn turn-based en vijanden zijn te zien op de kaart, er zijn dus geen random battles. Speciale aanvallen worden gedaan in de stijl van Elite Beat Agents en het spel bevat ook teamaanvallen. Tijdens het levelen van je personages kun je specificeren welke aspecten verbeterd worden.