Alex Mercer was een medisch experiment en nu is hij los gebroken en aan het moorden geslagen. Wanneer Mercer meer mensen vermoord, krijgt hij meer kennis, kracht en vaardigheden. Hij wordt dus een wandelend en moordend superwapen, hij is een Prototype! Prototype is een open-world action game met een verhaal vol list, bedrog, samenzwering en keiharde actie. Alex Mercer is de hoofdpersoon en hij vecht in een geheime oorlog in New York City. De oorsprong van Mercer is één van de redenen waarom deze oorlog in New York uit de hand loopt. Alex Mercer is namelijk in staat om van vorm te veranderen. Als een kameleon kan hij veranderen in andere mensen en kan hij hun krachten overnemen. Zo is Prototype echt een spannende game vol met actie. In de huid van Alex bewegen gamers op een free running manier door het dichtbevolkte, hedendaagse New York. Iedereen die op Mercers pad komt, wordt overgenomen… inclusief lichaam, geheugen en vaardigheden. Spelers worden in Prototype ondergedompeld in een geheimzinnige, duistere samenzwering die al 40 jaar broedt en wordt aangewakkerd door een oorlog tussen Alex, de Blackwatch (de militaire elite) en een uitbraak van een virusepidemie die de 'Infected' wordt genoemd. Prototype is grof, stoer en zit boordevol actie!