Door allerlei onverklaarbare verdwijningen van mensen en buitenaardse verschijningen wordt er een speciale taskforce in het leven geroepen. Deze XCOM-organisatie is belast met het afweren van de invasie van aliens en krijgt hiervoor geld, wetenschappers en manschappen toegekend.

Jij bent de commandant van deze geheime paramilitaire organisatie. Je probeert de aliens te verslaan door verschillende middelen en verbeterde technologiëen te gebruiken, door het beheren van strategieën en door een eenheid te vormen met je team. Maar dit is niet zo simpel als het lijkt, want je tegenstanders bewegen slim, waardoor elke ronde een enorm dynamisch schaakspel is.