In Bully: Scholarship Edition speel je de rol van de scholier Jimmy Hopkins. Jimmy is meerdere malen van verschillende scholen afgeschopt en krijgt op de school Bullworth eigenlijk zijn laatste kans. Op school wordt Jimmy lastig gevallen door pestkoppen, vervelende leraren en zal hij er als puber alles aan doen om een vriendinnetje te scoren. Jimmy kan vrij op Bullworth rondlopen en daar allemaal verschillende opdrachten doen. Deze opdrachten hebben vaak te maken met het helpen van andere schoolkinderen om zo wat populairder te worden.

Als je geen zin hebt om de normale missies te doen, kun je ook een van de vele minigames spelen. Jimmy kan bijvoorbeeld ook lessen volgen om nieuwe dingen te leren. Deze lessen vormen slechts enkele van de vele minigames die Canis Canem Edit rijk is. Op de kermis valt ook genoeg te doen, je kunt daar bijvoorbeeld ballen gooien op bewegende doelen en racen in karts.